兩種途徑在商標注冊申請審查方面并無差別。其主要區別是發生聯系的方式不同、提交的書件和文件遞交方式稍有差別。

　　在發生聯系的方式方面，直接到商標局辦理的，在辦理過程中申請人與商標局直接發生聯系；委托商標代理機構辦理的，在辦理過程中申請人通過商標代理機構與商標局發生聯系，而不直接與商標局發生聯系。

　　在提交的書件方面，直接到商標局辦理的，申請人除應提交的其他書件外，應提交經辦人本人的身份證復印件；委托商標代理機構辦理的，申請人除應提交的其他書件外，應提交委托商標代理機構辦理商標注冊事宜的代理委托書。

　　在文件遞交方式方面，申請人自行辦理的，由申請人或經辦人直接將申請文件遞交到商標注冊大廳受理窗口；商標代理機構可以將申請文件直接遞交、郵寄遞交或通過快遞企業遞交商標局，也可以通過網上申請系統提交商標注冊申請。

　　在文件送達方式方面，申請人自行辦理的，商標局的各種文件是送達當事人；委托商標代理機構辦理的，文件送達商標代理機構。