(1)保護的目的不同
　　專利權保護的發明創造，是技術上的解決辦法或者外觀設計上的藝術創作和獨特創意。保護的目的，在于的鼓勵發明創造，有利于發明創造的推廣應用，促進科學技術進步和創新。
　　而商標權保護的商標，是具有區別商品或者服務來源的顯著特征的標志。保護的目的，為了促進生產者保證商品質量和維護商標信譽，以保障消費者的利益，促進社會主義商品經濟的發展和公平競爭。
　　(2)保護的對象和范圍不同
　　專利權的對象是獲得專利的發明，實用新型或外觀設計。其中發明是指前人沒有的、先進的、經過實踐證明可以應用的一種重大的科學技術新成就；實用新型是指對物品的形狀、結構或組合所作的革新設計，又稱小發明；外觀設計是指對產品的形狀、圖樣、色彩或其結合作出的富有創新美感而適于工業上應用的新設計。對專利權的保護范圍分別以發明，實用新型的權利要求的內容為準和以表示在圖片或照片上的外觀設計專利產品為準。
　　商標權的對象是以文字、圖形或者其組合構成的注冊商標。對商標權的保護范圍以核準注冊的商標和核定使用的商品為限。
　　(3)國家主管機關和適用的相關法律不同
　　我國《專利法》(2000年8月25日第二次修訂版)是管理專利的基本法律。國家知識產權局專利局主管全國專利受理和審查專利申請的管理工作。
　　我國《商標法》(2001年10月27日第二次修訂版)是管理商標的基本法律。國家工商行政管理局商標局主管全國商標注冊和管理的工作。
　　(4)時效性的不同
　　我國的《專利法》規定，發明專利的有效期為20年，實用新型和外觀設計專利的有效期為10年，期限屆滿均不得續展。
　　而我國《商標法》規定，注冊商標的有效期為10年，期滿可以續展注冊，而且可以無制重復申請，每次續展注冊的有效期均為10年，因此商標權的有效期實質上可以是無限期的。
　　顯然，專利權和商標權是分屬兩種不同范疇的知識產權，有明顯的不同點，分別受到《專利法》和《商標法》的保護。